En medio de una peligrosa misión, Naruto Uzumaki y su equipo se ven atrapados en un turbulento viaje a través del tiempo. Todo comienza cuando el joven ninja, junto a su fiel compañero Yamato y la feroz Sakura, se enfrenta a un grupo de misteriosos enemigos que tienen la habilidad de manipular el tiempo. Durante una pelea épica, todos son absorbidos por un extraño portal y son transportados a la era de los clanes ninja, donde descubrirán un mundo que apenas han imaginado.
Mientras intentan encontrar una forma de regresar al presente, el grupo se topa con un antiguo aliado que les revela que un poderoso enemigo, un famoso ninja conocido como Mukade, tiene un oscuro plan que amenaza tanto al pasado como al futuro. Mukade desea capturar a Naruto para aprovechar su increíble poder y así ejecutar su siniestro propósito.
En este escenario lleno de giros inesperados, Naruto y sus amigos deben unirse a nuevos aliados y enfrentar desafíos que cuestionarán no solo su fuerza, sino también su determinación. La amistad, el sacrificio y el destino están en juego en una carrera contra el tiempo, donde deberán desbloquear misterios del pasado mientras luchan por proteger lo que más valoran. A medida que se entrometen en secretos antiguos y forjan lazos con personajes icónicos de su historia, Naruto aprenderá lecciones que cambiarán el rumbo de su vida y el del mundo ninja para siempre.