En un universo donde los mundos de los diminutos Minimoys y el mundo humano colisionan, Arthur se enfrenta a su mayor desafío hasta la fecha. Mientras busca rescatar a su abuela, que ha sido capturada, el joven héroe descubre que la paz que unió a ambos mundos está en peligro. Un antiguo enemigo ha regresado con un plan oscuro para apoderarse del reino de los Minimoys y usurpar el poder que los mantiene a salvo.

En un mundo mágico lleno de criaturas diminutas, Arthur, el joven héroe de aventuras anteriores, se enfrenta a un nuevo y peligroso desafío. Tras haber derrotado a Maltazard, el malvado rey de los Minimoys, la calma parece haber regresado a su universo. Sin embargo, una sombra oscura se cierne sobre el reino, ya que Maltazard ha logrado escapar de su prisión y está decidido a vengarse de su antiguo rival. Con un plan malévolo que abarca tanto el mundo humano como el de los Minimoys, su objetivo es claro: apoderarse del reino y destruir a Arthur.

En un mundo lleno de magia y aventura, un joven llamado Arthur descubre que su abuelo ha dejado un legado increíble: un mapa que lo lleva a un reino secreto habitado por diminutas criaturas, los Minimoys. Mientras investiga la misteriosa desaparición de su abuelo, Arthur se ve transportado a un mundo mágico donde los Minimoys viven en armonía con la naturaleza. Allí conoce a Sélénia y Betameche, dos valientes Minimoys que se convierten en sus aliados.

En el bullicioso mundo de Nueva York, un ex-detective de policía, interpretado por Robert De Niro, se encuentra luchando por su vida tras un grave accidente que le deja con una discapacidad en el habla. Atrapado en su nuevo y solitario mundo, se siente alienado y vulnerable, incapaz de volver a la vida activa que solía conocer. Para colmo, su vida da otro giro cuando su vecina, una drag queen interpretada por Philip Seymour Hoffman, se convierte en su inusual compañera.