Kenshin Himura (Takeru Sato) es un famoso samurái conocido por su destreza con la katana y su frialdad a la hora de matar. En el pasado estuvo al servicio de los Ishin Shishi, un grupo de patriotas que luchaban para devolver el poder al Emperador, librando cientos de batallas y cobrándose muchas vidas. Pero tras terminar todos los enfrentamientos, jura no volver a matar y decide pasar al anonimato para dedicarse a viajar por el país como un vagabundo ayudando a quien lo necesite, como penitencia por todas las muertes que provocó.
Umi Matsuzaki es una chica de instituto que cuida a sus dos hermanos y, en ausencia de su madre, administra un albergue de estilo occidental, el Coquelicot Manor, cercano al mar. La chica compagina tranquilamente sus responsabilidades con su vida escolar junto a Shun Kazama, miembro del club de periodismo, y Shiro Mizunuma, presidente del consejo de estudiantes.