En un futuro cercano, Callum Lynch, un hombre enredado en un oscuro pasado criminal, se despierta sin recordar cómo llegó a un laboratorio secreto de una poderosa organización. Aquí, descubre que ha sido elegido para participar en un revolucionario experimento que usa tecnología avanzada para acceder a los recuerdos de sus ancestros. A través de un dispositivo llamado Animus, Callum se convierte en un miembro de la legendaria orden de asesinos, una sociedad que lucha por la libertad contra la opresión, todo ambientado en la época de la España del siglo XV.

En los confines caóticos de Bagdad post-invasión, un oficial del ejército estadounidense, el capitán Roy Miller, se embarca en una misión que lo llevará por caminos plagados de conspiraciones y verdades ocultas. Miller es parte de un equipo encargado de encontrar las famosas armas de destrucción masiva que supuestamente justifiquen la invasión. Sin embargo, pronto descubre que las pistas que recibe son engañosas y que la información que maneja su comando es más turbia de lo que parece.

En un día que comenzó como cualquier otro, un grupo de pasajeros se encuentra a bordo de un vuelo comercial que se dirige hacia San Francisco. Entre ellos hay una mezcla de personas: un joven neoyorquino que regresa a casa, un hombre de negocios preocupado por su próximo encuentro y una madre que viaja para visitar a su familia. Sin embargo, la rutina cotidiana se ve brutalmente interrumpida cuando el avión es secuestrado por un grupo de terroristas.