En un futuro cercano, Callum Lynch, un hombre enredado en un oscuro pasado criminal, se despierta sin recordar cómo llegó a un laboratorio secreto de una poderosa organización. Aquí, descubre que ha sido elegido para participar en un revolucionario experimento que usa tecnología avanzada para acceder a los recuerdos de sus ancestros. A través de un dispositivo llamado Animus, Callum se convierte en un miembro de la legendaria orden de asesinos, una sociedad que lucha por la libertad contra la opresión, todo ambientado en la época de la España del siglo XV.
A medida que Callum explora las hazañas de su antepasado Aguilar, un hábil asesino, se ve inmerso en una guerra épica entre los Assassins y los Templarios, quienes buscan controlarlo todo a través de un antiguo artefacto que otorga poder absoluto. Mientras experimenta increíbles habilidades y combates espectaculares, también comienza a descubrir secretos sobre su familia y su conexión con esta lucha ancestral.
Con giros inesperados y un sentido de urgencia, Callum debe enfrentar a la moderna organización que lo mantiene cautivo, liderada por la enigmática Sofia, quien tiene sus propios planes para él. Mientras la frontera entre su realidad y el pasado se desdibuja, Callum deberá decidir si unirse a los Assassins en su misión de liberar a la humanidad de la tiranía o caer en el abismo del control. Desenterrará secretos que podrían cambiar el curso de la historia, pero a un alto precio.