En un futuro cercano, Callum Lynch, un hombre enredado en un oscuro pasado criminal, se despierta sin recordar cómo llegó a un laboratorio secreto de una poderosa organización. Aquí, descubre que ha sido elegido para participar en un revolucionario experimento que usa tecnología avanzada para acceder a los recuerdos de sus ancestros. A través de un dispositivo llamado Animus, Callum se convierte en un miembro de la legendaria orden de asesinos, una sociedad que lucha por la libertad contra la opresión, todo ambientado en la época de la España del siglo XV.

En la turbulenta década posterior a los ataques del 11 de septiembre, una joven y decidida analista de la CIA, Maya, se embarca en una búsqueda implacable para capturar al infame líder de Al Qaeda, Osama bin Laden. A través de una mezcla de inteligencia, torturas y operaciones encubiertas, Maya se adentra en un laberinto de intrigas y riesgos. A medida que avanza la trama, la película muestra el duelo moral y emocional que experimentan los agentes involucrados, revelando el oscuro trasfondo de las decisiones que tomaron en su búsqueda.