En una tranquila mañana, un hombre común y corriente, empleado de oficina, aborda su tren diario hacia la ciudad. Pero lo que comienza como un viaje rutinario se transforma rápidamente en una pesadilla. Al subir al tren, se encuentra con una misteriosa mujer que le ofrece una increíble suma de dinero a cambio de una tarea que parece sencilla: identificar a un pasajero desconocido. Sin embargo, su curiosidad lo lleva a descubrir que esta tarea tiene implicaciones mucho más serias de lo que imaginaba.

En un futuro cercano, Callum Lynch, un hombre enredado en un oscuro pasado criminal, se despierta sin recordar cómo llegó a un laboratorio secreto de una poderosa organización. Aquí, descubre que ha sido elegido para participar en un revolucionario experimento que usa tecnología avanzada para acceder a los recuerdos de sus ancestros. A través de un dispositivo llamado Animus, Callum se convierte en un miembro de la legendaria orden de asesinos, una sociedad que lucha por la libertad contra la opresión, todo ambientado en la época de la España del siglo XV.