En un mundo donde la información es poder y los secretos pueden cambiar el rumbo de naciones, un joven analista de inteligencia llamado Alex se encuentra en el centro de una oscura conspiración gubernamental. Tras descubrir accidentalmente un archivo clasificado que revela un complot masivo para manipular elecciones en varios países, Alex se convierte en el blanco de una peligrosa cacería. Decidido a exponer la verdad, se une a una exagente de la CIA, Laura, quien ha salido del sistema y ahora vive bajo el radar.

En un futuro cercano, Callum Lynch, un hombre enredado en un oscuro pasado criminal, se despierta sin recordar cómo llegó a un laboratorio secreto de una poderosa organización. Aquí, descubre que ha sido elegido para participar en un revolucionario experimento que usa tecnología avanzada para acceder a los recuerdos de sus ancestros. A través de un dispositivo llamado Animus, Callum se convierte en un miembro de la legendaria orden de asesinos, una sociedad que lucha por la libertad contra la opresión, todo ambientado en la época de la España del siglo XV.