En un lujoso tren que recorre Europa, un grupo de pasajeros de diversas nacionalidades se ve envuelto en un misterioso asesinato. Entre ellos se encuentra el famoso detective belga Hercule Poirot, quien acaba de completar un caso en Oriente y se dirige a casa. Durante una noche de tormenta, el multimillonario Samuel Ratchett es encontrado muerto en su compartimento, apuñalado varias veces. La situación se complica cuando el tren queda atrapado por un deslizamiento de tierra, dejando a los pasajeros aislados.

En un futuro cercano, Callum Lynch, un hombre enredado en un oscuro pasado criminal, se despierta sin recordar cómo llegó a un laboratorio secreto de una poderosa organización. Aquí, descubre que ha sido elegido para participar en un revolucionario experimento que usa tecnología avanzada para acceder a los recuerdos de sus ancestros. A través de un dispositivo llamado Animus, Callum se convierte en un miembro de la legendaria orden de asesinos, una sociedad que lucha por la libertad contra la opresión, todo ambientado en la época de la España del siglo XV.