La historia arranca justo donde terminó la entrega anterior, con el detective Eric Matthews mientras enfrenta las consecuencias devastadoras de su encuentro con Jigsaw. Mientras el caos se desata tras la muerte de Matthews, el juego macabro continúa con un nuevo grupo de víctimas. Ahora, el nuevo protagonista es un forense, la Dra. Lynn Denlon, quien se ve atrapada en la retorcida red de manipulaciones de Jigsaw. Lo que comienza como un simple reconocimiento de una escena del crimen se convierte en una lucha desesperada por la supervivencia.