En el Hollywood de los años 50, uno de los grandes estudios pretende hacer una gran superproducción de romanos protagonizada por una gran estrella (Clooney), pero el actor es secuestrado durante el rodaje.

Después de la derrota de su antiguo archienemigo, Shredder, las Tortugas se han distanciado como familia. Pero una vez que las tortugas se volvieron a juntarse, comienzan a suceder extrañas sucesos en la ciudad de Nueva York.