En pleno corazón de Toronto, Mei Lee, una adolescente de 13 años, intenta equilibrar su vida escolar, las expectativas de su estricta madre y su pasión por los chicos y la cultura pop. Mei siempre ha sido la "chica buena" que cumple con todas las normas, pero su mundo da un giro inesperado cuando, en un momento de intensa emoción, descubre que se transforma en un enorme panda rojo.

En un mundo donde la oscuridad y la desesperanza comenzan a tomar forma, las Tortugas Ninja, ese legendario cuarteto de guerreros mutantes, están pasando por tiempos difíciles. Luego de la derrota de su archienemigo Shredder, Leonardo se ha retirado a un entrenamiento solitario en América del Sur, convencido de que necesita aprender a ser un líder aún mejor. Mientras tanto, Donatello, Rafael y Michelangelo se han quedado en Nueva York, llevando una vida más normal entre los suburbios y los callejones, pero la nostalgia y la falta de propósito comienzan a desgastarlos.