En una noche mágica en el Museo de Historia Natural de Nueva York, Larry Daley, el guardia nocturno más genial de la historia, descubre que la magia que da vida a las exposiciones está empezando a desvanecerse. Tras una serie de eventos peculiares y cómicos, se entera de que el secreto que mantiene todo en movimiento reside en un antiguo artefacto que no solo hizo posible la magia, sino que también necesita un “retoque” urgente.

En un mundo donde los superhéroes y los villanos son parte del paisaje cotidiano, un genio del mal se enfrenta a la mayor crisis de su vida. Después de haber derrotado por fin a su archienemigo, el heroico Metro Man, el villano de grandes proporciones, con su cabeza azul y su inteligencia sobrehumana, se encuentra sin propósito. Con el eterno triunfo llega la monótona rutina, y lo que una vez fue diversión se convierte en un aburrido día a día.

¡Claro! Así que aquí va la sinopsis.

En esta divertida secuela, nuestros queridos amigos de la Gran Manzana, Alex, Marty, Melman y Gloria, continúan su aventura salvaje en busca de regresar a casa. Después de hacer escala en Madagascar, deciden que es hora de encontrar un modo de regresar a Nueva York. Sin embargo, sus planes se ven interrumpidos por la inminente llegada de un antiguo amigo, el rey Julien, que les propone una travesía por la jungla para descubrir sus verdaderas identidades.