En un mundo post-apocalíptico donde la humanidad está al borde de la extinción, los sobrevivientes luchan contra los ángeles, criaturas misteriosas que amenazan con arrasar lo que queda de la civilización. La historia se centra en Shinji Ikari, un joven piloto de mechas que despierta en un mundo desolado, tres años después de haber estado en un estado de suspensión. La realidad ha cambiado drásticamente; sus antiguos amigos y aliados están profundamente marcados por la guerra y desconfían de él.