En un mundo post-apocalíptico donde la humanidad está al borde de la extinción, los sobrevivientes luchan contra los ángeles, criaturas misteriosas que amenazan con arrasar lo que queda de la civilización. La historia se centra en Shinji Ikari, un joven piloto de mechas que despierta en un mundo desolado, tres años después de haber estado en un estado de suspensión. La realidad ha cambiado drásticamente; sus antiguos amigos y aliados están profundamente marcados por la guerra y desconfían de él.
Shinji se encuentra atrapado en un caos emocional y físico, arrastrado por la presión de las expectativas y su propia lucha interna con el dolor de las decisiones pasadas. A medida que trata de comprender su nuevo entorno, se enfrenta a las consecuencias de sus acciones y a los complejos vínculos que lo ataban a su madre y a sus amigos. Mientras tanto, una ambiciosa organización, NERV, ha reconfigurado su misión, y nuevos personajes con agendas ocultas emergen, desafiando lo que queda de la moralidad humana.
En esta intensa travesía, los conflictos personales se entrelazan con decisiones que podrían cambiar el destino de la humanidad. El poder de los mechas y la filosofía del sacrificio se entrelazan en un torbellino de acción y reflexión. La esperanza se convierte en una moneda escasa en un mundo donde los límites entre el bien y el mal son cada vez más difusos, planteando preguntas sobre la identidad, la redención y el precio del amor.