En un futuro no muy lejano, un grupo de jóvenes genéticamente diseñados es enviado en una misión espacial hacia un planeta habitable en un sistema estelar distante. Con el objetivo de colonizar el nuevo mundo, estos adolescentes son educados y criados en un entorno controlado, donde su desarrollo emocional y social ha sido ajustado para garantizar la estabilidad de la misión. Sin embargo, a medida que la nave avanza en su largo viaje, los problemas comienzan a surgir.

En un pintoresco pueblo victoriento, bajo las calles adoquinadas, habita un grupo peculiar de criaturas conocidas como los Boxtrolls. Estas encantadoras pero incomprendidas criaturas se dedican a recoger basura y tesoros olvidados, mientras llevan cajas de cartón como su única vestimenta. Sin embargo, los temores de la comunidad los han llevado a considerarlos monstruos. Todo cambia cuando un niño humano llamado Eggs, que fue adoptado y criado por los Boxtrolls, se convierte en el inesperado héroe de esta historia.

En la Inglaterra de la posguerra, una enigmática investigadora llamada Florence Cathcart se embarca en una misión para desmentir los fenómenos sobrenaturales que atormentan a las personas. Tras haber perdido su pareja y haber pasado su vida desafiando las creencias del más allá, Florence se convierte en una figura polémica que se dedica a exponer fraudes y engaños. Cuando un misterioso caso surge en un internado para niños, donde se rumorea la aparición de un espectro aterrador, Florence se siente obligada a investigar.