En una tranquila suburbia, Cole, un tímido y un poco torpe adolescente, parece tener una vida ordinaria, pero su mundo da un giro inesperado cuando se trata de su niñera, Bee. La chica es el epítome de la diversión y la confianza, y Cole está completamente enamorado de su personalidad vibrante. Sin embargo, lo que empieza como una noche normal de cuidado infantil se convierte en una pesadilla cuando Cole descubre que Bee no es la dulce niñera que aparenta ser.

En un Japón mágico y pintoresco, un joven llamado Kubo vive feliz con su madre en un pequeño pueblo. Su vida gira en torno a contar historias, ayudando a los habitantes del lugar con su habilidad para manipular la luz y la sombra gracias a su guitarra. Sin embargo, su mundo se ve desafiado cuando se reencuentra con un doloroso pasado que lo conecta con una familia de dioses y ancestros que buscan venganza. Atraído por su misteriosa herencia, Kubo debe enfrentarse a un antiguo mal que ha regresado a atormentar a su vida.