El detective Shindo es asignado para proteger a la princesa Salno cuando un meteorito aterriza en Kurobe. Salno emerge como una profetisa y llama la atención de la periodista Naoko y de las hadas de Mothra con su premonición de la llegada de un poderoso monstruo espacial. Si Mothra no convence a Godzilla y Rodan de que dejen de lado su odio hacia la humanidad, tendra que enfrentarse al monstruo sola.
En el Japón de la era Tokugawa, un grupo de nueve jóvenes samuráis está decidido a acabar con la corrupción reinante y a acabar con todos los que están relacionados con ella. Consiguen el apoyo del inspector de policía Kikui y se preparan para llevar a cabo su plan. Poco después, aparece Sajuro, un personaje salido de entre las sombras, que empezará a actuar y a poner orden en medio del caos.
Un par de gemelas de aspecto diminuto, habitantes de la isla de Beru, custodian celosamente a su deidad «Mothra». Desgraciadamente, son raptadas y trasladadas a Tokio por un expedicionario sin escrúpulos para ser explotadas artísticamente. Las gemelas utilizarán sus poderes místicos para revivir al gusano gigante a través de la telepatía. Éste a su vez se dirigirá a Tokio, con el firme propósito de recuperar a sus guardianas, ya convertido en polilla gigante y arrasándolo todo a su paso.
