En un futuro lleno de exploraciones y conflictos intergalácticos, el legendario capitán James T. Kirk se enfrenta a los fantasmas de su pasado mientras trata de mantener la paz en la galaxia. Después de haber dejado el mando del USS Enterprise, Kirk se encuentra entrenando nuevas generaciones de oficiales en la Academia de la Flota Estelar, cuando una antigua amenaza vuelve a resurgir. Khan Noonien Singh, un formidable genetista y antiguo enemigo de Kirk, ha escapado de su exilio en un planeta desolado y busca venganza.