Después de la derrota de su antiguo archienemigo, Shredder, las Tortugas se han distanciado como familia. Pero una vez que las tortugas se volvieron a juntarse, comienzan a suceder extrañas sucesos en la ciudad de Nueva York.

Un león adolescente es enviado accidentalmente desde el zoológico de Nueva York a África. Ahora corriendo libres, sus amigos del zoológico deben dejar de lado sus diferencias para ayudarlo a regresar.

Mumble, un joven pingüino emperador, vive en la Antártida. Como otros animales de su especie, él necesita saber cantar para atraer a una pareja. A pesar de tener una voz horrible, en su lugar, Mumble tiene un increíble talento para bailar tap.

Cuando el cielo se está cayendo y la cordura ha volado del nido, Chicken Little debe urdir un plan para salvar al planeta de la invasión alienígena y demostrar que el héroe más grande del mundo es un pollito.