En una isla tropical, unos científicos dirigen experimentos meteorológicos y se encuentran con enormes mantis y una gigantesca araña que está atacando al hijo de Godzilla. El gran monstruo volverá para defender a su hijo…
Los astronautas Glenn y Fuji investigan el Planeta X cuando encuentran alienígenas misteriosos llamado los Xiliens. Piden a la humanidad prestar Godzilla y Rodan para salvar su mundo del "Monstruo Cero". Mientras Glenn investiga, se enamora con la señorita Namikawa y descubre las verdaderas intenciones de los Xiliens.
En el Japón de la era Tokugawa, un grupo de nueve jóvenes samuráis está decidido a acabar con la corrupción reinante y a acabar con todos los que están relacionados con ella. Consiguen el apoyo del inspector de policía Kikui y se preparan para llevar a cabo su plan. Poco después, aparece Sajuro, un personaje salido de entre las sombras, que empezará a actuar y a poner orden en medio del caos.
En el siglo XIX, en un Japón todavía feudal, un samurái llega a un poblado, donde dos bandas de mercenarios luchan entre sí por el control del territorio. Muy pronto el recién llegado da muestras de ser un guerrero invencible, por lo que los jefes de las dos bandas intentan contratar sus servicios.
