En un futuro lejano, mil años después de una guerra de carácter apocalíptico, la Tierra aparece cubierta de bosques plagados de hongos venenosos y de insectos gigantescos. Los hombres han sido diezmados; los supervivientes viven en algunos poblados aislados y sobreviven a duras penas en las cercanías de un bosque contaminado con gases tóxicos e insectos mutantes gigantes, que cubren gran parte de la Tierra. Nausicaä es la princesa de El Valle de Viento, un reino minúsculo, rodeado de reinos más poderosos y hostiles.
La historia narra como el valiente y joven Hols (Horus, según el doblaje) cumple con la última voluntad de su difunto padre, buscar su pueblo, que años atrás fue arrasado por el demonio Grunwald. Sólo la Espada del Sol podrá acabar con el demonio y para ello necesitará la ayuda de los hombres, comprendiendo así Hols la importancia de mantenerse unidos.