En un mundo donde la música y la imaginación son los únicos salvavidas, un joven marinero llamado Jude vive en la sosa y colorida ciudad de Pepperland, un lugar completamente dominado por la monotonía y la tristeza de los malvados Blue Meanies. Sin embargo, la vida de Jude da un giro inesperado cuando se encuentra con un submarino amarillo que le lleva a una aventura psicodélica.