En un mundo donde la música y la imaginación son los únicos salvavidas, un joven marinero llamado Jude vive en la sosa y colorida ciudad de Pepperland, un lugar completamente dominado por la monotonía y la tristeza de los malvados Blue Meanies. Sin embargo, la vida de Jude da un giro inesperado cuando se encuentra con un submarino amarillo que le lleva a una aventura psicodélica. Con la ayuda de cuatro músicos icónicos de Liverpool, conocidos como los Fab Four, Jude se embarca en un viaje musical para rescatar a Pepperland de la opresión de los Blue Meanies y devolverle su color y alegría.
A lo largo de su travesía, el grupo se enfrenta a situaciones surrealistas y personajes excéntricos, todo pulsando al ritmo de las legendarias canciones de los Beatles. Desde la búsqueda de la paz en un mundo caótico hasta la exploración de amistades y el poder de la música, cada encuentro es una celebración del amor y la creatividad. Con animaciones vibrantes y un estilo visual único, la película es una experiencia sensorial que trasciende generaciones. El viaje culmina en un emocionante enfrentamiento contra los Blue Meanies, donde la música se convierte en el arma definitiva. A medida que los colores regresan a Pepperland, se recuerda a todos que, al final del día, el amor y la amistad son las fuerzas más poderosas en el universo.