Designado a regañadientes como el heredero de la tierra de Muy Muy Lejano, Shrek urde un plan para instalar al rebelde Artie como el nuevo rey mientras la princesa Fiona trata de evitar un golpe de estado por parte del Príncipe Encantador.
Rodderick 'Roddy' St. James es un ratón doméstico convencido de que tiene la vida solucionada; vive en un barrio de Kensington en Londres siendo la mascota de Tabitha, una niña de familia pudiente. La familia sale de vacaciones quedando Roddy completamente solo jugando con sus únicos "amigos", es decir, varios muñecos.
El más joven de los pingüinos del equipo, Cabo, sale del zoológico en la víspera de Navidad para encontrar un regalo para el solitario oso polar del zoo. Mientras camina por las calles de Manhattan, Cabo es capturado por una anciana que lo confunde con un juguete masticable. Ese juguete era un regalo para su cruel perro, el Sr. Chew (El Sr. Mordidas en Latinoamérica). Los otros tres pingüinos, Skipper, Kowalski y Rico, salen a rescatar a Cabo del apartamento de la anciana antes de que sea demasiado tarde.
Cuatro amigos animales prueban la vida salvaje cuando, luego de escapar de su cautiverio en el zoológico de Central Park, van a parar a la orilla de la isla de Madagascar.
Shrek y Fiona viajan al Reino de Muy Muy Lejano, donde los padres de Fiona son el Rey y la Reina, para celebrar su matrimonio. Cuando llegan, se dan cuenta de que no son tan bienvenidos como pensaban.
Un malvado lord exilia a las criaturas de cuentos de hadas al pantano de un ogro gruñón, que debe ir en busca y rescatar a una princesa para el lord con el fin de recuperar su tierra.
