Diez años después de una serie mundial de revoluciones de simios y una brutal guerra nuclear entre humanos, César debe proteger a los sobrevivientes de ambas especies de un insidioso culto humano y de una facción de simios militantes por igual.

El 'vagón' Bertha Thompson, una mujer transitoria en Arkansas durante la depresión llena de violencia de principios de los años 30, se encuentra con el sindicalista 'Big' Bill Shelly y los dos se unen para luchar contra el establecimiento corrupto del ferrocarril. Basado en "Sister of the Road", la pseudo-autobiografía de 1937 del personaje de ficción Bertha Thompson, escrita por el médico anarquista Dr. Ben L. Reitman.

Como consecuencia de la guerra bacteriológica entre Rusia y China, un solo individuo parece ser el único superviviente: se trata del coronel Neville, famoso científico, que se salva gracias a una única dósis de vacuna que estaba experimentando.