En un mundo donde las criaturas gigantes han dejado una profunda huella en la humanidad, una nueva amenaza emerge del caos: un ser conocido como Destoroyah, una monstruosa manifestación del material peligroso creado por el propio Godzilla. Mientras el rey de los monstruos comienza a mostrar signos alarmantes de un colapso inminente en su organismo, un grupo de científicos intenta descubrir una forma de detener la destrucción inminente causada por esta nueva criatura.

En un mundo donde la paz es frágil, las leyendas antiguas despiertan ante la inminente amenaza de un gigantesco monstruo. La historia comienza cuando un grupo de científicos descubre un misterioso huevo en una isla remota. Al poco tiempo, se revela que se trata de un símbolo de vida y destrucción: un larva de Mothra, una criatura mística que representa el equilibrio de la naturaleza. Pero el descubrimiento pronto despierta la furia de otra colosal bestia: Godzilla, el rey de los monstruos, que irrumpe en busca de alimento y caos.