En un mundo donde la paz es frágil, las leyendas antiguas despiertan ante la inminente amenaza de un gigantesco monstruo. La historia comienza cuando un grupo de científicos descubre un misterioso huevo en una isla remota. Al poco tiempo, se revela que se trata de un símbolo de vida y destrucción: un larva de Mothra, una criatura mística que representa el equilibrio de la naturaleza. Pero el descubrimiento pronto despierta la furia de otra colosal bestia: Godzilla, el rey de los monstruos, que irrumpe en busca de alimento y caos.

En un mundo marcado por la amenaza de los seres mutantes, la humanidad se enfrenta a una nueva preocupación: una planta gigantesca creada a partir del ADN de Godzilla y de un ser humano. Esta planta, conocida como Biollante, ha adquirido una inteligencia propia y se revela como un ser aterrador que combina lo mejor de los mundos vegetal y animal. Mientras tanto, Godzilla emerge una vez más del océano para reclamar su territorio y desatar el caos, lo que provoca una alarma en el gobierno japonés.