Los hombres de negro confunden a Sonoko con Haibara, debido a esto intentarán atentar contra su vida. Por otro lado en el rascacielos donde casualmente están Conan, Ran, Ai, los niños, etc. ponen una bomba y se quedarán atrapados en él.

Marte, año 2071, poco antes del día de Halloween. Un camión cisterna lleno de productos químicos hace explosión en una de las calles más importantes de la ciudad, liberando un nuevo virus letal que acaba con la vida de cientos de personas. Las autoridades, temiendo un nuevo ataque aún más destructivo, fijan una recompensa millonaria para quien capture a los responsables. Mientras tanto, en la nave "Bebop", Spike y su banda de cazadores de recompensas están aburridos y sin dinero, hasta que conocen la noticia de la recompensa...

Todo comienza con una serie de asesinatos, los cuales parecen estar todos relacionados con la policía. De está forma el Inspector Megure, Kogoro y Conan comienzan a investigar. Pero sin querer Ran también se ve envuelta en todo este lío, al presenciar el intento de asesinato de la siguiente victima, que no es ni más ni menos que Sato (una de las inspectoras). El problema es que Ran pierde la memoria y no recuerda al culpable.

Es solo otro día en el Salón de Entrenamiento de Artes Marciales Tendo Anything-Goes, es decir, hasta que una extraña niña llamada Lychee y su elefante gigante Jasmine llegan para saldar una cuenta con el hábil maestro de artes marciales Happosai. Aparentemente, hace mucho tiempo, Happosai le dio a la bisabuela de Lychee la mitad de un pergamino legendario garantizado para traer felicidad a quien lo sostenía.