En una galaxia llena de aventuras y misterios, la tripulación del USS Enterprise se enfrenta a un desafío como ningún otro. Después de una serie de incidentes en la frontera de los territorios desconocidos, el capitán James T. Kirk y su equipo son llamados para investigar la intrigante y peligrosa misión de un extraño ser que se hace llamar Sybok, un antiguo compañero de Spock.

En un futuro cercano, el planeta Tierra enfrenta una inminente catástrofe. Una misteriosa sonda alienígena está perturbando la atmósfera, causando estragos en la vida en el planeta. La tripulación del USS Enterprise, liderada por el capitán Kirk, se da cuenta de que la única solución para salvar a su hogar es viajar de regreso en el tiempo a la década de 1980. Su misión: encontrar a las ballenas jorobadas, ya que la sonda está intentando comunicarse con estas majestuosas criaturas, extintas en su era.

En un universo en crisis tras la batalla final contra Khan, la tripulación del USS Enterprise enfrenta la dura realidad de la pérdida. El capitán Kirk se siente desolado tras la muerte de su amigo Spock, quien sacrificó su vida para salvar la nave y su equipo. Sin embargo, un inesperado giro del destino trae una chispa de esperanza cuando Kirk se entera de que la esencia de Spock podría haber sobrevivido y está en el planeta Genesis, donde se experimentó con su cuerpo.