En un universo en crisis tras la batalla final contra Khan, la tripulación del USS Enterprise enfrenta la dura realidad de la pérdida. El capitán Kirk se siente desolado tras la muerte de su amigo Spock, quien sacrificó su vida para salvar la nave y su equipo. Sin embargo, un inesperado giro del destino trae una chispa de esperanza cuando Kirk se entera de que la esencia de Spock podría haber sobrevivido y está en el planeta Genesis, donde se experimentó con su cuerpo.
Sin pensarlo dos veces, Kirk y su leal tripulación deciden llevar a cabo una misión llena de riesgos para recuperar a su amigo. Pero no son los únicos con intereses en Genesis: la Federación de Planetas se opone a la idea de interferir, mientras que un nuevo villano, el capitán de la nave de guerra Excelsior, busca detener a Kirk a toda costa. La amistad y la lealtad se ponen a prueba cuando la tripulación del Enterprise decide desafiar las órdenes directas de la Federación y robar su propia nave para alcanzar a Spock.
Así, se embarcan en una emocionante aventura que los llevará a un viaje a través de la galaxia, enfrentando enemigos, peligros interplanetarios y dilemas morales. En su búsqueda, Kirk y sus amigos no solo intentan recuperar a un viejo camarada, sino también redescubrir el verdadero significado del sacrificio y la amistad. En un final desgarrador, deberán decidir hasta dónde están dispuestos a llegar por aquellos que aman.