En un universo en crisis tras la batalla final contra Khan, la tripulación del USS Enterprise enfrenta la dura realidad de la pérdida. El capitán Kirk se siente desolado tras la muerte de su amigo Spock, quien sacrificó su vida para salvar la nave y su equipo. Sin embargo, un inesperado giro del destino trae una chispa de esperanza cuando Kirk se entera de que la esencia de Spock podría haber sobrevivido y está en el planeta Genesis, donde se experimentó con su cuerpo.