La historia sigue a Anna, una joven introvertida con problemas de salud que es enviada a pasar el verano con unos parientes en una tranquila isla. Al principio, Anna se siente fuera de lugar, aislada en un ambiente que le resulta ajeno. Sin embargo, su vida da un giro inesperado cuando descubre una misteriosa mansión abandonada, situada en un área pantanosa cercana.
La mansión se convierte en el escenario de sus encuentros con una enigmática chica llamada Marnie, quien parece ser la única que entiende a Anna y sus sentimientos de soledad. A medida que la amistad entre ambas florece, Anna se siente más viva que nunca y comienza a descubrir secretos sobre su pasado y la historia de Marnie, que se revelan llenos de nostalgia y melancolía.
Pero la relación de las dos chicas se vuelve cada vez más compleja, y a medida que Anna se adentra en el mundo de Marnie, comienza a cuestionar la realidad de su amistad y el significado de su conexión. Los recuerdos de Marnie están entrelazados con un pasado que podría cambiar la vida de Anna para siempre y la drive hacia una comprensión más profunda de lo que significa la familia y la pérdida.
Con una animación visualmente impresionante y una banda sonora emotiva, esta película explora temas de amor, amistad y el poder de los recuerdos, dejando una huella duradera en el corazón de quienes la ven.