En un Japón mágico y pintoresco, un joven llamado Kubo vive feliz con su madre en un pequeño pueblo. Su vida gira en torno a contar historias, ayudando a los habitantes del lugar con su habilidad para manipular la luz y la sombra gracias a su guitarra. Sin embargo, su mundo se ve desafiado cuando se reencuentra con un doloroso pasado que lo conecta con una familia de dioses y ancestros que buscan venganza. Atraído por su misteriosa herencia, Kubo debe enfrentarse a un antiguo mal que ha regresado a atormentar a su vida.