En la vibrante ciudad de Nueva York, las tortugas ninja están en su mejor momento, luchando contra el crimen y protegiendo su hogar de diversas amenazas. Sin embargo, cuando un nuevo villano aparece en escena, la situación se complica. Shredder, el eterno enemigo de los hermanos, se propone liberar a una temible fuerza del otro mundo: el alienígena Krang, quien tiene planes oscuros para la ciudad y la humanidad.