En un futuro no muy lejano, la USS Enterprise, la nave estelar más emblemática de la Federación, vuelve a estar en acción para hacer frente a una misteriosa amenaza que se dirige hacia la Tierra. Un gigantesco y enigmático artefacto espacial ha destruido todo lo que se encuentra a su paso y avanza a una velocidad imparable. Ante esta crisis, el almirante James T. Kirk, ahora en retiro, se ve obligado a retomar el mando de la Enterprise, donde se reunirá con viejos conocidos como el Vulcano Spock, quien lucha con su propia identidad y emociones.