El popular gato y el popular ratón de dibujos animados son lanzados a una película. La historia tiene a los dos, gato y ratón, tratando de ayudar a una niña huérfana que está siendo reprendida y explotada por un guardián codicioso.
La diversión comienza cuando el Conde Drácula traslada a Scooby-Doo y Shaggy hasta Transilvania en una aventura repleta de fantasmas. Para poder celebrar la esperadísima Carrera de Coches de Monstruos, el Conde Drácula transforma a Shaggy en un peludo hombre-lobo, obligándole a conducir en una carrera campo a través que se celebra en la ruta más escalofriante.
Es el año 2005. Los Decepticons han conquistado Cybertron totalmente. Pero los Autobots tienen bases en la dos lunas de Cybertron, y también tienen Autobot City en la Tierra. La película comienza con una espectacular secuencia en la que Unicron, un planeta mecánico viviente, se come el mundo de Lithone, matando a todos sus habitantes, excepto uno que escapa en una nave espacial. Para impedir una ofensiva Autobot, los Decepticons atacan Autobot City y tiene lugar una enorme batalla que termina con la derrota de Optimus Prime y Megatron.
Segunda Guerra Mundial (1939-1945). En vísperas del desembarco de Normandía, los alemanes capturan a un oficial de los servicios de inteligencia americanos y lo someten a un lavado de cerebro: le hacen creer que la guerra ha terminado hace años para obtener información sobre los planes de los aliados.