En medio de la bulliciosa atmósfera navideña en Nueva York, los astutos pingüinos de la isla Madagascar, conocidos por su ingenio y desfachatez, se encuentran en una misión especial. Mientras sus amigos de la selva celebran las festividades, Skipper, Kowalski, Rico y Private se distinguen por su inquebrantable espíritu navideño, decididos a rescatar el verdadero sentido de la Navidad.
Todo comienza cuando un ladrón de juguetes, que se hace llamar el Hombre de la Nieve, roba regalos de niños en la ciudad, dejando a los pequeños desilusionados. Los pingüinos, que no pueden permitir que esta situación arruine las fiestas, se embarcan en una emocionante aventura por los tejados de la ciudad. Utilizando su ingenio de élite y sus habilidades de espionaje, el cuarteto se enfrenta a un sinfín de obstáculos, desde las travesuras de un grupo de pelones habitantes del lugar hasta los inesperados contratiempos que amenazan con descarrilar su plan.
Mientras discuten su estrategia y resuelven las diferencias entre ellos, los pingüinos también aprenderán la importancia de la amistad y el trabajo en equipo. Justo cuando parecen apunto de rendirse, un inesperado giro les da una nueva perspectiva. En esta noche mágica, descubrirán que no solo se trata de los regalos, sino del verdadero significado de la Navidad: el amor y la unión entre amigos. La aventura está por comenzar y estos valientes pingüinos no se detendrán ante nada para cumplir su misión.