En un futuro post-apocalíptico, la humanidad se encuentra al borde de la extinción tras un cataclismo global. Tokio-3, una de las pocas ciudades sobrevivientes, se ha transformado en el campo de batalla contra unos seres misteriosos conocidos como Ángeles, que amenazan con destruir lo que queda de la civilización. La organización clandestina NERV, encargada de proteger a la humanidad, ha desarrollado unos enormes mechas llamados Evangelions, pilotados por adolescentes elegidos, capaces de enfrentarse a estas criaturas.