En un pequeño y empobrecido pueblo español, un niño huérfano llamado Marcelino vive en un convento con un grupo de frailes. A pesar de la rigidez del lugar y la falta de amor materno, Marcelino es un niño curioso y lleno de vida, que anhela conocer el mundo y encontrar la calidez de una familia que nunca tuvo. Su inocencia y bondad deslumbran a todos los que lo rodean, pero su vida da un giro inesperado cuando descubre un misterioso y hermoso crucifijo en el desván del convento.
La relación que establece con la figura de Cristo se vuelve el centro de su existencia; Marcelino comienza a conversar con el crucifijo, compartiendo sus sueños y deseos, incluso sus miedos. A medida que su conexión se profundiza, el niño realiza actos de bondad y generosidad que impactan a los frailes y a los habitantes del pueblo, transformando la vida del convento en un lugar más amable y lleno de luz. Sin embargo, la felicidad de Marcelino se ve amenazada por el conflicto entre la fe y el deseo de pertenencia.
La película se convierte en un relato conmovedor sobre la fe, la soledad y la búsqueda del amor, donde la pureza del niño desafía las normas de su entorno y nos muestra la verdadera esencia de la bondad humana. A través de su viaje, Marcelino nos invita a redescubrir la magia de la inocencia y la importancia de los lazos que nos unen.