En un mundo donde la realidad y la locura se entrelazan, un titiritero frustrado, Craig, se encuentra atrapado en un trabajo miserable como asistente en una oficina de un edificio poco convencional. Un día, mientras explora un misterioso espacio en el ático de su lugar de trabajo, descubre una puerta secreta que lo lleva a la mente de John Malkovich, el emblemático actor. Al atravesar la puerta, Craig no solo puede experimentar la vida del famoso intérprete, sino que también puede controlar sus acciones por un breve período de tiempo. Intrigado por este fenómeno, decide abrir un negocio en el que otros pueden experimentar la misma aventura, sumergiéndose en la mente del actor durante 15 minutos.
A medida que la peculiar idea gana popularidad, Craig comienza a obsesionarse con Malkovich y, en su camino, arrastra a su esposa, Lotte, así como a Maxine, una compañera de trabajo seductora. La tensión entre estos personajes se intensifica, ya que todos buscan amor, reconocimiento y un sentido de identidad en un mundo caótico. Pero las líneas entre la realidad y la ficción comienzan a desdibujarse, llevándolos a un desenlace inesperado donde el poder de la mente se convierte en una peligrosa trampa. Esta experiencia surrealista explora temas de deseo, obsesión y la búsqueda incesante de uno mismo, llevándonos a una reflexión sobre la percepción de la identidad en la era moderna.