Catorce años después del frustrado Tercer Impacto. Las unidades EVA 02 y 08, pilotadas por Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami, serán las encargadas de realizar una misión para recuperar un contenedor cruciforme, en el que se encuentra la unidad 01, que fue sellada con Shinji Ikari en su interior después del Tercer Impacto. Pero antes de poder recuperarlo, serán atacados por la Némesis, un grupo de veloces drones, que no dejaran que esta importante misión tenga éxito.
Bajo el constante ataque de los Angeles, NERV introduce dos nuevos pilotos: la misteriosa Makinami Mari Illustrious, y a la intensa Asuka Langley Shikinami. Paralelamente, Gendo Ikari y SEELE proceden con el proyecto secreto que involucra tanto a Rei como a Shinji. You Can (Not) Advance comienza con el ataque del Tercer Ángel y la aparición de una nueva piloto con el EVA-05, mientras Asuka llega a Tokio-3 con el EVA-02 durante el ataque del Séptimo Ángel.
En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado “El Segundo Impacto” como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como “Ángeles”. Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los “Ángeles” regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los “Ángeles”.
Una película altamente experimental que presenta una historia fuera del orden cronológico que tiene lugar 15 años después de una catástrofe casi apocalíptica, sobre cuatro traumatizados jóvenes de 14 años que tienen la tarea de pilotar armas decisivas humanoides masivas llamadas Evangelion, los adultos psicológicamente inadaptados que los manejan y comandan, y los eventos y fuerzas que los afectan o en los que participan mientras se enfrentan a invasores hostiles masivos conocidos como "Ángeles".
Primera película realizada tras la serie Neon Genesis Evangelion que consta de 2 partes: "Death" y "Rebirth". La primera parte, "Death", es un breve resumen de lo que sucede en la serie e incluye alguna escena inédita. La segunda parte, "Rebirth", es lo que sucede tras el capítulo 24 de la serie. El desenlace se muestra en la segunda película: "Evangelion: The End of Evangelion".
