En una cálida tarde de verano, un grupo de amigos adolescentes que aún están en la escuela secundaria se cruzan accidentalmente en el instituto de una misteriosa institución: el Museo de Mysterios. Scooby-Doo, un gran danés siempre hambriento y su mejor amigo, Shaggy, son los epicentros del alboroto, mientras que Fred, Daphne y Velma se unen a la aventura. Juntos, deciden investigar una serie de fenómenos extraños que han comenzado a acontecer en su escuela, incluida la misteriosa desaparición de varias pertenencias valiosas.
Mientras se zambullen en pistas y pruebas, el quinteto se verá envuelto en una trama de fantasmas y leyendas urbanas que parecen cobrar vida. El famoso "Caballero Fantasma", un espectro que amenaza con arruinar el evento escolar, se convierte en el villano principal y el grupo debe trabajar en equipo para desentrañar la verdad detrás de su aparición y detener su malévolo plan. Con momentos de risa y un par de sustos, esta dinámica juvenil aprende a confiar en sus habilidades y en el poder de la amistad.
A medida que los nuevos retos ponen a prueba su valentía y su ingenio, los amigos descubren su verdadera vocación como detectives aficionados, sentando las bases para sus futuras aventuras. Decretos de amistad y lealtad se ponen a prueba, todo mientras Scooby y Shaggy se hacen, por supuesto, con un montón de bocadillos. La búsqueda no solo revela misterios externos, sino también la importancia de encontrar su lugar en el mundo.