Un joven llamado Juan Preciado llega al pueblo fantasma de Comala, guiado por la promesa que le hizo su madre en el lecho de muerte: encontrar a su padre, un hombre que ha vivido en sus historias como un ser casi mítico. Una vez en el desolado pueblo, Juan descubre que la realidad es muy distinta a lo que esperaba. Comala está habitada por almas en pena, susurros de un pasado repleto de dolor y desilusión, donde los vivos apenas pueden diferenciarse de los muertos.
Mientras se adentra en esta atmósfera de tristeza y melancolía, se encuentra con varias almas que le cuentan sus historias y sus conexiones con Pedro Páramo, un terrateniente despiadado y poderoso que gobernó el pueblo con mano de hierro. A través de estas revelaciones, Juan empieza a comprender la verdadera naturaleza de su padre y el legado de sufrimiento que dejó en su camino. Las voces de Comala se entrelazan en un relato que mezcla fantasía y cruda realidad, desentrañando la historia de un hombre que, a pesar de sus ambiciones, es atrapado por su propia soledad y crueldad.
La película explora temas de amor, pérdida y búsqueda de identidad en un entorno donde la muerte y la vida son casi intercambiables. Al final, Juan no solo está en busca de su padre, sino que también se enfrenta a los ecos de su propia existencia en un mundo donde el pasado nunca se desvanece.